Por ser una empresa pública, el BNDES tiene sus operaciones financieras, balances y políticas de gestión fiscalizadas por colegiados, compuestos por representantes del gobierno, de entidades externas y de la sociedad civil. Estos colegiados son el Consejo de Administración, el Comité de Auditoria y el Consejo de Fiscalización.

Consejo de Administración

El órgano de orientación superior del BNDES es el Consejo de Administración, formado por 11 miembros nombrados por el Presidente de la República de Brasil, con mandato de tres años, entre ellos el Presidente del Consejo. El presidente del BNDES ejerce la vicepresidencia del Consejo de Administración.

Cuatro miembros son designados, respectivamente, por los Ministros Estatales de Planificación, Presupuesto y Gestión; de Trabajo y Empleo; de Hacienda; y de Relaciones Exteriores. Los demás son indicados por el Ministro Estatal de Desarrollo, Industria y Comercio Exterior (MDIC).

Son atribuciones del Consejo de Administración:

• opinar, a solicitud del Ministro de Desarrollo, Industria y Comercio Exterior, sobre cuestiones relevantes al desarrollo económico y social del país más directamente relacionadas a la acción del BNDES;
• aconsejar al presidente del Banco sobre las líneas generales orientadoras de su acción;
• examinar y aprobar, la propuesta del presidente del Banco, las políticas generales y programas de actuación a largo plazo;
• aprobar el presupuesto global de recursos y gastos, y acompañar su ejecución, así como examinar informes anuales de auditoria e informaciones sobre los resultados de las acciones del Banco;
• aprobar los balances patrimoniales y los estados financieros de la institución;
• autorizar la creación de reservas;
• opinar sobre la destinación de los resultados;
• deliberar sobre el aumento de capital; y
• designar al jefe de la Auditoria.  

Actualmente, conforman el Consejo de Administración del BNDES: 

• Fernando Damata Pimentel (presidente)
• Luciano Galvão Coutinho (vicepresidente)
• Mauro Borges Lemos
• Carlos Roberto Lupi
• Eduardo Eugênio Gouvêa Vieira
• Artur Henrique da Silva Santos
• Roberto Atila Amaral Vieira 
• Miriam Belchior
• Orlando Pessuti
• Márcio Holland de Brito
• Designado por el MDIC (vacante)
• Designado por el MRE (vacante)

Comité de Auditoria

El Comité de Auditoria es responsable por las siguientes actividades:

• recomendar a la administración del Banco la auditoria independiente a ser contratada;
• revisar, previamente a la publicación, los demostrativos contables semestrales;
• evaluar la efectividad de las auditorias independiente e interna;
• recomendar a la Dirección del BNDES la corrección o perfeccionamiento de políticas, prácticas y procedimientos identificados en el ámbito de sus atribuciones; y
• elaborar un informe conteniendo las informaciones sobre sus actividades y la evaluación de la efectividad de los sistemas de controles internos.

Conforme a lo previsto en el Estatuto del BNDES, el Comité de Auditoria estará conformado por hasta seis miembros, designados por el Consejo de Administración, a quien debe reportarse, con observancia de las reglas adoptadas por el Consejo Monetario Nacional.

Conforman actualmente el Comité de Auditoria del BNDES:

• João Paulo dos Reis Velloso (coordinador)
• Attílio Guaspari
• Paulo Roberto Vales de Souza

Consejo Fiscal

Al Consejo Fiscal le cabe examinar y emitir parecer sobre los balanceos patrimoniales y demás estados financieros, así como sobre las prestaciones de cuentas semestrales de la Dirección del BNDES, además de ejercer otras atribuciones previstas en la Ley de Sociedades por Acciones.

El Consejo Fiscal está conformado por tres miembros y tres suplentes, todos con mandato de dos años, admitida la reconducción por igual período – siendo dos miembros efectivos y respectivos suplentes indicados por el Ministro de Desarrollo, Industria y Comercio Exterior (MDIC) y un miembro efectivo y respectivo suplente indicados por el Ministro de Hacienda, como representantes del Tesoro Nacional. Todos son nombrados por el Presidente de la República de Brasil. 

Miembros efectivos:

• Carlos Eduardo Esteves Lima (Ministerio de Desarrollo, Industria y Comercio Exterior)
• Paulo Fontoura Valle (Ministerio de la Hacienda)
• Designado por el MDIC (vacante)

Miembros suplentes

• Clayton Campanhola  (Ministerio del Desarrollo, Industria y Comercio Exterior)
• Raul Lycurgo Leite (Ministerio del Desarrollo, Industria y Comercio Exterior)
• Eduardo Coutinho Guerra (Ministerio de Hacienda)