Para dar soporte a sus actividades, el BNDES demanda recursos financieros adecuados. Las particularidades de la oferta doméstica de crédito en Brasil, concentrada en corto plazo, conducen a la institución a la búsqueda de soluciones alternativas para captación de recursos que vengan a apoyar proyectos de inversiones de largo plazo.

El BNDES cuenta con una fuente estable de recursos financieros, el Fondo de Amparo al Trabajador (FAT). Esta fuente, resultante de la unificación de fondos de integración social, es destinada al costeo del seguro desempleo y del adelanto salarial de sus asegurados, siendo una parcela repasada al BNDES para aplicación en sus programas de desarrollo económico y social.

Desde 2008, el BNDES viene efectuando captaciones de recursos junto al Tesoro Nacional. En diciembre de 2009, fue autorizada la concesión de créditos del orden de R$ 100 mil millones para el BNDES, los que fueron totalmente integralizados. Recursos suficientes para que el BNDES atienda la demanda por desembolsos en 2010 y así haga frente a los desafíos actualmente enfrentados.

Adicionalmente, el BNDES cuenta con las siguientes fuentes de recursos: retorno de sus operaciones de financiamiento;  monetización de activos de su cartera; participaciones societarias; captaciones externas, en el mercado internacional de capitales, como también a través de organismos multilaterales, tales como el Banco Interamericano de Desarrollo (BID); y captaciones en el mercado interno por su subsidiaria integral - BNDESPAR.

La participación de las fuentes de recursos, al final de 2009, puede ser representada gráficamente de la siguiente manera: