El BNDES cuenta con unidad específica que centraliza los asuntos referentes a la gestión de los riesgos de crédito, de mercado y operacional y actúa en la mejora de los controles internos. Adicionalmente, la Institución mantiene el Comité de Gestión de Riesgos, compuesto por el Presidente, Vicepresidente y Directores. Este comité colegiado tiene como una de sus atribuciones evaluar el ambiente de Gestión de Riesgos y Controles Internos del BNDES.

La Gestión de Riesgo de Crédito resulta de la necesidad del BNDES de establecer parámetros para orientar la administración de los activos de riesgo propio del Banco, bajo la visión del riesgo de crédito, limitar el grado de envolvimiento financiero con sus clientes, bien como evitar la concentración en la ubicación de sus recursos.

Con el objetivo de garantizar atención a las normas establecidas por el Banco Central de Brasil, en sintonía con las buenas prácticas de gestión, la Gestión del Riesgo de Mercado evalúa, monitora y controla las exposiciones del BNDES a ese riesgo.

Ya la Gestión del Riesgo Operacional trata de identificar, evaluar, tratar y controlar los riesgos operacionales a los cuales el BNDES está expuesto, visando minimizar las pérdidas resultantes de falla, deficiencia o inadecuación de procesos internos, personas y sistemas o de eventos externos.

Los Controles Internos son procedimientos presentes en todos los niveles del BNDES que visan: proporcionar la adecuada seguridad cuanto al alcance de los objetivos de la institución; contribuir para la exactitud de las informaciones financieras; y proteger los activos del Banco, siempre en conformidad con las normas externas e internas.

Las orientaciones sobre Gestión de Riesgos y Controles Internos están formalizadas y disponibles para todos los funcionarios por medio de las Políticas Corporativas de Controles Internos, Gestión de Riesgo Operacional, Gestión de Riesgo de Mercado y Gestión de Continuidad de Negocios, aprobadas por la Directoria y por el Consejo de Administración.