Os programas abaixo são opções de crédito financeiro destinadas a produtores rurais e suas associações e cooperativas, com o objetivo de financiar investimentos em modernização, reflorestamento, capitalização de cooperativas, dentre outras finalidades mais específicas. Cabe ao BNDES a administração destes programas, criados pelo Governo Federal.

• ABC - Programa para Redução da Emissão de Gases de Efeito Estufa na Agricultura
• MODERAGRO - Programa de Modernização da Agricultura e Conservação de Recursos Naturais
• MODERFROTA - Programa de Modernização da Frota de Tratores Agrícolas e Implementos Associados e Colheitadeiras
• MODERINFRA - Programa de Incentivo à Irrigação e à Armazenagem
• PROCAP-AGRO - Programa de Capitalização de Cooperativas Agropecuárias
• PROCAPCRED - Programa de Capitalização de Cooperativas de Crédito
• PRONAF Investimento - Programa Nacional de Fortalecimento da Agricultura Familiar
• PRODECOOP - Programa de Desenvolvimento Cooperativo para Agregação de Valor à Produção Agropecuária