Para dar suporte às suas atividades o BNDES demanda recursos adequados. As particularidades da oferta doméstica de crédito no país, concentrada no curto prazo, conduziram o governo à busca de soluções alternativas de captação de recursos para apoiar projetos de investimento de longo prazo, na forma de instituição de Fundos.

Os recursos do Fundo de Amparo ao Trabalhador (FAT), constituído basicamente pelo produto das arrecadações do PIS e do PASEP e pelas receitas decorrentes de suas aplicações, destinam-se a custear o seguro-desemprego e o abono salarial, bem como os programas de desenvolvimento econômico através do BNDES, em parcela de, no mínimo, 40% dessa arrecadação. O FAT sucedeu ao Fundo de Participação PIS-PASEP, alterando significativamente o propósito da referida contribuição social. Enquanto o Fundo de Participação PIS-PASEP tinha como objetivo formar o patrimônio individual dos trabalhadores, que eram seus cotistas, o FAT atua como instrumento de combate ao desemprego em duas frentes. A primeira, de caráter emergencial, amparando o desempregado com uma remuneração provisória e com programa de treinamento e recolocação. A segunda, de característica preventiva, fomentando a criação de novos empregos por meio de programas de desenvolvimento econômico.

O Fundo PIS-PASEP é resultante da unificação dos fundos constituídos com recursos do Programa de Integração Social - PIS e do Programa de Formação do Patrimônio do Servidor Público - PASEP.

O Fundo Nacional de Desenvolvimento (FND) tem por finalidade prover recursos para realização, pela União, de investimentos de capital necessários à dinamização do desenvolvimento nacional, bem como apoiar a iniciativa privada na organização e ampliação de suas atividades econômicas.

O Fundo para o Desenvolvimento Tecnológico das Telecomunicações (FUNTTEL) foi instituído por meio da Lei nº 10.052, de 28.11.2000, e regulamentado pelos Decretos de nºs 3.737 e 4.149, de 30.01.2001 e 01.03.2002, respectivamente. Apresenta natureza contábil, tendo por objetivos estimular o processo de inovação tecnológica, incentivar a capacitação de recursos humanos, fomentar a geração de empregos e promover o acesso de pequenas e médias empresas a recursos de capital, de modo a ampliar a competitividade da indústria brasileira de telecomunicações.

O Fundo de Garantia à Exportação (FGE), de natureza contábil e vinculado ao Ministério da Fazenda, tem como finalidade dar cobertura às garantias prestadas pela União nas operações de Seguro de Crédito à Exportação (SCE). O SCE tem por objetivo segurar as exportações brasileiras de bens e serviços contra os riscos comerciais, políticos e extraordinários que possam afetar as transações econômicas e financeiras vinculadas a operações de crédito à exportação.

O Fundo Garantidor para Investimentos (BNDES FGI) tem natureza privada e patrimônio próprio, seus recursos são administrado pelo BNDES. O FGI tem por finalidade complementar garantias nas operações realizadas com recursos do BNDES ou da Agência Especial de Financiamento Industrial - FINAME, contratadas por intermédio de Instituições Financeiras Credenciadas.

O Fundo Setorial do Audiovisual (FSA) é um fundo de natureza contábil destinado ao desenvolvimento articulado de toda a cadeia produtiva do audiovisual no Brasil. Criado pela Lei nº 11.437, de 28.12.2006, e regulamentado pelo Decreto nº 6.299, de 12.12.2007, o FSA é uma “categoria de programação específica” do Fundo Nacional de Cultura (FNC).