Para o BNDES poder alcançar clientes potenciais ao longo do território nacional, grande parte das operações é realizada de forma indireta, através da parceria com a rede de instituições financeiras credenciadas que cobrem todo o país. A maioria dos bancos brasileiros é credenciada a operar com as linhas de financiamento do BNDES.
 
Nas operações indiretas, o Banco repassa os recursos financeiros para os bancos comerciais, públicos ou privados,  agências de fomento e cooperativas credenciadas pelo BNDES, e estas que serão responsáveis pela análise e aprovação do crédito e pela definição das garantias. Os empresários usualmente se dirigem àquelas instituições onde já possuem cadastro e/ou algum tipo de relacionamento bancário. As agências financeiras credenciadas, pela sua proximidade com os clientes, têm as melhores condições para avaliar os pedidos de financiamento.
 
O risco da operação é dos agentes financeiros que analisam o projeto. Contudo, o BNDES acompanha e fiscaliza estas operações, além de prestar qualquer informação diretamente ao empresário, caso solicitado. O risco de crédito das operações com micro, pequenas e médias empresas pode ser garantido pelo Fundo Garantidor para Investimentos - BNDES FGI. 
 
A aprovação de crédito através das instituições financeiras credenciadas amplia a atuação do Banco e aproxima-o dos seus clientes. Para as agências, as operações de repasse de linhas de financiamento de longo prazo têm as vantagens do melhor relacionamento e da fidelização de uma carteira de clientes com alto potencial de crescimento de receita.