Para que o BNDES alcance clientes potenciais por todo o território nacional, grande parte de suas operações é realizada de forma indireta, através da parceria com uma rede de instituições financeiras credenciadas que cobre todo o país. A maioria dos bancos brasileiros faz parte desta rede e, portanto, é credenciada a operar com as linhas de financiamento do BNDES.
 
Nas operações indiretas, o Banco repassa os recursos financeiros a bancos comerciais, públicos ou privados, agências de fomento e cooperativas credenciadas pelo BNDES, e estes agentes serão responsáveis pela análise e aprovação do crédito e pela definição das garantias. Os empresários usualmente se dirigem àquelas instituições onde já possuem cadastro e/ou algum tipo de relacionamento bancário. As agências financeiras credenciadas, por sua proximidade com os clientes, têm as melhores condições para avaliar os pedidos de financiamento.
 
O risco da operação é assumido pelos agentes financeiros que analisam o projeto. Contudo, o BNDES acompanha e fiscaliza estas operações, além de prestar qualquer informação diretamente ao empresário, caso solicitado. O risco de crédito das operações com micro, pequenas e médias empresas pode ser garantido pelo Fundo Garantidor para Investimentos (BNDES FGI). 
 
A aprovação de crédito através das instituições financeiras credenciadas amplia a atuação do Banco e aproxima-o dos seus clientes. Para as agências, as operações de repasse de linhas de financiamento de longo prazo têm as vantagens do melhor relacionamento e da fidelização de uma carteira de clientes com alto potencial de crescimento de receita.