El BNDES efectúa, en sus operaciones indirectas automáticas, análisis, aprobación, desembolso, acompañamiento y, aún, la habilitación de máquinas y equipos y respectivos fabricantes. Los desembolsos totales de las operaciones indirectas automáticas alcanzaron R$ 71,2 mil millones en 2011, con una participación del 51% del total desembolsado por el BNDES, presentando un crecimiento del 1% con relación a 2010. Con relación a 2009, los desembolsos fueron superiores en un 93%.
Los desembolsos se distribuyen por las regiones, portes de empresas y sectores, conforme el perfil del beneficiario. El énfasis es dado al servicio de empresas PYMES bajo las diversas modalidades de productos: BNDES Finame (dirigido para la financiación de la producción y la comercialización de máquinas y equipos nuevos, de fabricación nacional, habilitados en el BNDES y capital de giro asociado); BNDES Finame Leasing (operaciones de arrendamiento mercantil); BNDES Finame Agrícola (máquinas y equipos destinados al sector agropecuario); BNDES Automático (proyectos de inversión y programas de capital de giro); y Tarjeta BNDES (crédito rotativo dirigido a PYMES), además de los programas agrícolas del Gobierno Federal.